Rêu sừng trước đây được xem là một lớp trong ngành Rêu (Bryophyta). Tuy nhiên, hiện ngành Rêu theo định nghĩa trước kia là cận ngành với nó, vì vậy rêu sừng được xếp thành một ngành riêng, gọi là Anthocerotophyta. Ngành Bryophyta hiện chỉ bao gồm rêu thực sự.

Trước đây chỉ có một lớp Rêu sừng có tên là Anthocerotopsida, hoặc trước đó là Anthocerotae. Gần đây, một lớp thứ 2 được tách ra là Leiosporocertotopsida, lớp này bao gồm loài bất thường Leiosporoceros dussii. Tất cả loài rêu sừng khác vẫn nằm trong lớp Anthocerotopsida. Hai lớp này hiện được chia thành 5 bộ, mỗi bộ chỉ có một họ.

Trong số các thực vật trên cạn, rêu sừng là một trong những dòng dõi còn sống sót cổ nhất; các phân tích nhánh chỉ ra rằng nhóm này bắt nguồn từ trước kỷ Devon, vào khoảng cùng thời gian với rêu và rêu tản. Chỉ có khoảng 100 loài đã được biết đến, nhưng các loài mới vẫn đang được phát hiện. Số lượng và tên gọi của các chi hiện vẫn là vấn đề đang được khảo sát, và một số hệ thống phân loại khác nhau đã được công bố từ năm 1988.

Phát sinh chủng loài

Các dữ liệu nghiên cứu về phân tử, hình thái và siêu cấu trúc đã đưa ra được hệ thống phân loại mới của Rêu sừng.[2]